Podés conectarte a tus bases MySQL via SSH utilizando el comando “mysql”. La información completa de como usar la utilidad está en: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/mysql.html
Si querés probarlo ya mismo y saltearte la guia de uso, podés hacerlo escribiendo “mysql -h IpIntranet -u usuario -p” desde consola. Una vez dentro podés ejecutar consultas SQL como “use DB” (DB es el nombre de tu base) y “SHOW TABLES” o “SHOW PROCESSLIST”;