Para poder instalar tus módulos debes conectarte por ssh http://la.latincloud.com/410696-C%C3%B3mo-conectarme-al-SSH-de-mi-cuenta
Luego debes ingresar a tu directorio del proyecto con: cd /www/CUENTA/miproyecto/
y desde allí ejecutar: export TMPDIR=/www/CUENTA/tmp; export HOME=/www/CUENTA/; /usr/local/bin/npm install express --save
Donde CUENTA debes cambiarlo por el nombre de tu cuenta en el panel.